大家好，欢迎观看《时空日报》第10期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计19篇。以下是应用华大时空StereoCopilot生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、TCRward个性化移植治疗
(相关资料图)
TCRward personalized transplant therapies
Science Immunology; IF: ; DOI:
内容概要：通过研究针对移植排斥的个性化治疗方法，通过对急性细胞排斥的肾脏活检进行单细胞RNA测序和TCR测序，发现T细胞克隆性有限且表现多样。研究结果表明，个性化移植治疗需要考虑T细胞表型的多样性。
2、Plakoglobin是一个机械响应的原始多能性调节因子
Plakoglobin is a mechanoresponsive regulator of naive pluripotency
Nature Communications; IF: ; DOI: /s41467-023-39515-0
内容概要：通过研究微生物环境对小鼠胚胎干细胞的调控作用，发现微流控技术可以稳定原始多能性网络并诱导Plakoglobin的表达。Plakoglobin的过表达足以在亚稳多能性条件下完全重新建立原始多能性基因调控网络。最后，发现Plakoglobin在人和小鼠胚胎的外胚层中仅在囊胚阶段表达，进一步加强了Plakoglobin与原始多能性的联系。
3、基于空间转录组学数据并通过CeLEry恢复scRNA-seq数据中的细胞位置
Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry
Nature Communications; IF: ; DOI: /s41467-023-39895-3
内容概要：CeLEry是一种基于深度学习的算法，利用空间转录组学数据中基因表达和空间位置关系，恢复scRNA-seq中细胞的空间位置。CeLEry可以在多个层面上推断细胞的空间位置信息，包括细胞的2D位置和空间域，并提供恢复位置的不确定性估计。通过对多个数据集进行全面的基准测试，包括来自大脑和癌症组织的Visium、MERSCOPE、MERFISH和Xenium数据集，证明了CeLEry可以可靠地利用scRNA-seq数据恢复细胞的空间位置信息。
4、WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13通过控制多能愈伤组织的细胞命运来抑制新生芽的再生
WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus
Science Advances; IF: ; DOI:
内容概要：通过研究植物通过多能愈伤组织的形成实现新的顶端分生组织（shoot apical meristems，SAMs）的机制。研究发现，WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13（WOX13）通过转录抑制SAM调节因子和激活细胞壁修饰因子，促进非分生组织细胞命运的决定，从而抑制SAM的形成。WOX13在愈伤组织细胞群体的细胞身份确定中发挥关键作用。
5、单碱基分辨率的多重酶合成DNA
Multiplex enzymatic synthesis of DNA with single-base resolution
Science Advances; IF: ; DOI:
内容概要：介绍了一种多重酶合成DNA的方法，该方法使用温和的水性条件和酶代替溶剂和磷酸二酰胺。该研究使用一种合成周期，包括第一步的特定位点硅微机电系统喷墨分配末端脱氧核苷酸转移酶和3'阻断核苷酸，以及第二步的批量玻片清洗以去除3'阻断基团。通过在固定的DNA引物基板上重复周期，展示了微观空间控制核酸序列和长度的可能性，这里通过杂交和凝胶电泳进行了检测。这项工作在高度并行的情况下以单个碱基控制的方式酶促合成DNA，具有独特性。
6、单细胞和空间转录组学鉴定与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群
Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis
Science Advances; IF: ; DOI:
内容概要：使用scRNA-seq研究健康和肌萎缩症肌肉中巨噬细胞的分子特征，发现肌萎缩症肌肉中主要的巨噬细胞特征是高表达纤维化因子、半乳糖凝集素-3和骨钙蛋白。空间转录组学、计算推断和体外实验表明，巨噬细胞来源的Spp1调节基质祖细胞分化。半乳糖凝集素-3巨噬细胞在肌萎缩症肌肉中长期激活，并在多种人类肌病中升高。这些研究深化了我们对肌萎缩症中巨噬细胞的认识，揭示了半乳糖凝集素-3作为巨噬细胞和基质祖细胞相互作用的主要调节因子。
7、控制脊椎动物视网膜模式、神经发生和细胞命运规范的分子机制
Molecular mechanisms controlling vertebrate retinal patterning, neurogenesis, and cell fate specification
Trends in Genetics; IF: ; DOI: .
内容概要：回顾了外在因素触发转录变化的机制方面的最新进展，讨论了阐明核心进化保守基因调控网络的进展，该网络指定早期和晚期视网膜祖细胞和神经源性祖细胞，并控制确定细胞身份的最终步骤。此外，探讨了一些研究结果，这些发现提供了对视网膜图案和神经发生的物种特异性方面的调节的见解，包括考虑该领域的关键悬而未决的问题。
8、基于单细胞/多患者样本测序的细胞层次框架揭示代谢标志物PYGL作为HNSCC的治疗靶点
Cellular hierarchy framework based on single-cell/multi-patient sample sequencing reveals metabolic biomarker PYGL as a therapeutic target for HNSCC
Journal of Experimental and Clinical Cancer Research; IF: ; DOI: /s13046-023-02734-w
内容概要：基于单细胞/多患者样本测序，提出了基于细胞层次结构的代谢特征差异框架METArisk，重新分析了486例头颈部鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）患者的细胞组成，并通过机器学习方法鉴定了与预后相关的代谢相关生物标志物PYGL，通过GSH/ROS/p53通路促进HNSCC的恶性程度、转移和化疗耐药性，导致预后不良。
9、衰老相关的非整倍性与线粒体失衡和纺锤体组装失败有关
Aging-related aneuploidy is associated with mitochondrial imbalance and failure of spindle assembly
Cell Death Discovery; IF: ; DOI: /s41420-023-01539-2
内容概要：通过单细胞甲基化和转录组测序技术，发现老龄小鼠卵母细胞质量下降，非整倍体率显著增加。同时，大量差异表达基因和差异甲基化区域被发现。此外，衰老卵母细胞线粒体功能障碍和纺锤体组装异常与非整倍体率增加密切相关。因此，本研究揭示了衰老卵母细胞线粒体功能障碍和纺锤体组装异常是导致非整倍体率增加的主要原因。
10、核心保守的转录调控网络定义侵袭性滋养层细胞谱系
Core conserved transcriptional regulatory networks define the invasive trophoblast cell lineage
Development(Cambridge, England); IF: ; DOI:
内容概要：通过scRNA-seq和snATAC-seq研究大鼠和人类侵袭性滋养层细胞的调控机制，发现两种物种的基因调控模式和启动子区域的富集模式存在相似性，并确定了侵袭性滋养层细胞的核心保守转录调控网络。
11、多组学综合方法揭示NRAS突变黑色素瘤靶向治疗后与衰老逃逸相关的新基因和通路
A multi-omics integrative approach unravels novel genes and pathways associated with senescence escape after targeted therapy in NRAS mutant melanoma
Cancer Gene Therapy; IF: ; DOI: /s41417-023-00640-z
内容概要：所有细胞系都触发了衰老程序，并强烈诱导干扰素。激酶组学揭示了受体酪氨酸激酶的激活和神经营养因子、ErbB和胰岛素通路的富集下游信号。miRNA相互作用组的特征化将miR-211-5p与耐药表型相关联。最后，基于iCell的bulk和单细胞RNA-seq数据的整合，确定了在衰老过程中受干扰的生物过程，并预测了90个新的参与逃逸的基因。总的来说，本研究将胰岛素信号与衰老表型的持续性联系起来，并提示干扰素γ通过诱导EMT和激活ERK5信号逃逸衰老的新作用。
12、Yin Yang 1控制小脑星形胶质细胞成熟
Yin Yang 1 controls cerebellar astrocyte maturation
Glia; IF: ; DOI:
内容概要：通过特异性删除锌指转录因子Yin Yang 1（YY1），发现小鼠出现严重的运动障碍，伯格曼胶质增生以及小脑星形胶质细胞GFAP表达的同时丧失。scRNA-seq分析表明，YY1对小脑星形胶质细胞亚群的基因表达具有特异性影响。研究发现，YY1在星形胶质细胞发育的初期阶段是可有可无的，但在星形胶质细胞成熟过程中调节亚型特异性基因表达，并在成年小脑中持续维持成熟星形胶质细胞的表型。
13、整合scRNA-seq中巨噬细胞伪时间分析的特征基因来构建动脉粥样硬化预测模型
Integrating the characteristic genes of macrophage pseudotime analysis in single-cell RNA-seq to construct a prediction model of atherosclerosis
Aging; IF: ; DOI:
内容概要：通过scRNA-seq分析巨噬细胞的特征基因，构建动脉粥样硬化的预测模型。研究发现，IL1RN M1、NRP1 M2、ACTA2 M2/M1、EMP2 M1/M1、SPACL1 M2/M1和TAGLN M2/M1巨噬细胞在动脉粥样硬化的发生和发展中起着关键作用。这些标记基因可以用于建立预测动脉粥样硬化发生的模型。
14、MTGDC：一种用于scRNA-seq数据的多尺度张量图扩散聚类
MTGDC: A multi-scale tensor graph diffusion clustering for single-cell RNA sequencing data
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics; IF: ; DOI: .3293112
内容概要：提出了一种名为MTGDC（/lqmmring/MTGDC）的多尺度张量图扩散聚类方法，用于scRNA-seq数据的细胞类型检测。该方法通过多尺度亲和力学习构建细胞之间的全连接图，并采用高阶张量图扩散学习框架学习多尺度亲和力矩阵之间的高阶信息。最后，将多尺度张量图混合在一起，得到融合的高阶亲和力矩阵，并应用于谱聚类。MTGDC在稳健性、准确性、可视化和速度方面具有明显优势。
15、TERT表达与黑色素瘤中薄原发病灶、耗竭CD4+T细胞的转移及癌症实体的DNA修复有关
TERT expression is associated with metastasis from thin primaries, exhausted CD4+T cells in melanoma and with DNA repair across cancer entities
PloS One; IF: ; DOI: .0281487
内容概要：本研究旨在分析高度注释的黑色素瘤队列，以扩展对TERT启动子突变和表达变化在肿瘤进展中的影响的了解。研究发现，TERT表达与细胞迁移和细胞外基质动力学相关的基因有关，这表明TERT在侵袭和转移中发挥作用。此外，TERT表达与黑色素瘤中CD4+T细胞的疲惫和DNA修复有关。
16、多模式组学框架促进心血管再生靶点的发现
A multimodal omics framework to empower target discovery for cardiovascular regeneration
Cardiovascular Drugs and Therapy; IF: ; DOI: /s10557-023-07484-7
内容概要：该研究介绍了心血管再生的研究现状及挑战，提出了一种基于scRNA-seq的多物种、多组学的元分析框架，以发现新的促进心血管再生的靶点。通过对多个物种、不同发育阶段的健康和受损心脏进行scRNA-seq，揭示了心脏不同区域的细胞组成和心肌损伤诱导再生的多种机制。
17、调控胚外内胚层细胞命运选择的转录网络
Transcriptional network governing extraembryonic endoderm cell fate choice
Developmental Biology; IF: ; DOI: .
内容概要：通过分析单细胞转录特征和活性增强子的表观基因组比较，发现GATA6、SOX17和FOXA2是壁内内胚层（parietal endoderm，PE）和内脏内胚层（visceral endoderm，VE）细胞分化的中心调节因子。GATA6和SOX17诱导Mycn，赋予PE细胞自我更新的特性，同时抑制VE基因程序。FOXA2则是Mycn的强烈抑制剂，同时激活VE基因程序。GATA6/SOX17和FOXA2在促进不同细胞命运方面具有拮抗的基因调控活动，并在增强子上物理共结合，提供了PrE谱系可塑性的分子洞察。
18、简要文献综述和全面的生物信息学分析揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制
Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis
BMC Oral Health; IF: ; DOI: /s12903-023-03181-x
内容概要：通过单细胞分析和基因组学分析，筛选出了CXCL1、FOS和CXCL8等基因作为姜黄素的潜在靶点，并通过分子对接和分子动力学模拟验证了它们与姜黄素的结合稳定性。这些结果为姜黄素在牙周炎治疗中的应用提供了理论依据。
19、固着型Dolium sedentarium（花瓣单胞菌）的分子系统发育学
Molecular phylogenetics of sessile Dolium sedentarium, a petalomonad euglenid
The Journal of Eukaryotic Microbiology; IF: ; DOI:
内容概要：报告了首个使用scRNA-seq的Dolium sedentarium分子测序数据。SSU rDNA和多基因系统发育树都证实其为Petalmomonadida内的一个孤立分支。本研究为真眼虫进化的研究提供了一些新的分子数据，有助于更好地理解真眼虫的进化历程和形态特征的演化。
《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。
关键词：
